Aldeas Secundarias:La Aldea Oculta de la Hierba (草隠れの里, Kusagakure no Sato) está en el País de la Hierba. Aunque no se sabe nada más de ella, se supone que sus ninjas se especializan en técnicas relacionadas con animales y plantas. Zetsu, el Akatsuki es originario de esta aldea.
En el examen de chūnin, un grupo de genin de esta aldea fueron asesinados y suplantados por Orochimaru y sus hombres. Más tarde, un par de matones de esta aldea intentaron intimidar a Gaara antes de su lucha con Sasuke, lo que provocó que murieran dada la sed de sangre de Gaara, aunque esto seguramente salvó la vida de Naruto y Shikamaru, que se encontraban algo después en el mismo pasillo.
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La Aldea Oculta de la Cascada (滝隠れの里, Takigakure no Sato) se encuentra en el Pais de la Cascada. Su líder es Shibuki. Sus ninjas parecen especializarse en técnicas del elemento agua. Kakuzu, de Akatsuki, es de esta aldea. Esta aldea oculta sufrió un crimen histórico a manos del mismo Kakuzu quien como venganza por el castigo impuesto por haber fallado en su misión de asesinar al primer Hokage de Konoha hace 91 años, Kakuzu roba la técnica prohibida de dicha aldea oculta (Jiongu) la cual usa contra los líderes de la aldea.
Aunque había dos grupos de genin en el examen de chunin (4 en el anime), ninguno pasó de la primera prueba.
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La Aldea Oculta de la Lluvia (雨隠れの里, Amegakure no Sato), es una pequeña aldea del Pais de la Lluvia. Se supone que se especializan en técnicas de agua. Suelen llevar sombrillas, y realizan con facilidad técnicas de largo alcance e ilusorias. Algunos llevan máscaras para poder respirar en el agua.
Tres equipos de allí llegaron a la segunda prueba del examen de chunin. Uno de ellos fue asesinado por Gaara. El otro fue derrotado por el grupo de Hinata, Kiba y Shino (fue el primer equipo de los examenes chunin en ser derrotados) y el tercero y último fue derrotado por el grupo de Naruto. Este mismo grupo aparece en una de las sagas de relleno. Se revela que esta aldea estuvo en un periodo de guerra civil durante un largo tiempo, que termino cuando Pein propicio un golpe de estado y asesinó a Salamandra Hanzo quien fuera su anterior lider.
Salamandra Hanzō fue tambien quien le dio el título de sannin de Konoha a Jiraiya, Tsunade y Orochimaru por haber sobrevivido a la lucha con él.
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La Aldea Oculta de la Nieve (雪隠れの里, Yukigakure no Sato) se encuentra en el Pais de la Nieve, y aparece sólo en la primera película de Naruto. Sus bandas aparecen en la primera pelicula de Naruto, que son 4 pequeños puntos.Tras la película, el hielo se derritió y pasó a llamarse País de la Primavera, pero se desconoce lo que sucedió con la aldea.
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La Aldea Oculta del Sonido (音隠れの里, Otogakure no Sato) fue fundada por Orochimaru dentro del Pais del campo de arroz, y es dirigida por él. Aunque se conoce poco de ella, parece estar compuesta por una serie de guaridas tanto en ese país como en otros, entre las cuales Orochimaru se va trasladando periódicamente. Los ninjas de esta aldea se suelen especializar en técnicas que se basan en la manipulación de las ondas sonoras, y en el uso de sellos prohibidos para incrementar su poder. Las cinco grandes aldeas no la reconocen como igual, por ser Orochiaru un criminal.
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Otras Aldeas:
la Aldea Oculta de las Fuentes Termales (Yugakure), aldea ninja que perdió su estatus militar de aldea oculta lo que hizo que la misma se hiciera pacifica.
Hidan proviene de Yugakure, un pueblo que pretendió haber olvidado la guerra. Incluso con la "Gran Guerra" desaparecida del mundo y las aldeas ocultas reducidas a los poderes militares, aquellos con una abundancia de la naturaleza y recursos turísticos adquirieron una posición positiva en los nuevos tiempos. Hidan, que había vivido como un shinobi constantemente motivado para las luchas, creció frustrado y descontento con este nuevo pacifismo, y eventualmente dirigio sus sentimientos en contra de la aldea misma. Era inevitable que la recien encontrada religión de Jashin posara sus ojos sobre él. Las enseñanzas de la religión probaron tener abundantes elementos que afirmaron los propios deseos de Hidan. Provocó una matanza en su aldea y se fue de allí.
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La Aldea Oculta de la Luna (月隠れの里, Getsugakure no Sato) se encuentra en el País de la Luna. Fue mencionada durante en examen de chūnin, y es el foco de la tercera película de Naruto, en donde Naruto, Sakura, Rock Lee y Kakashi tienen que protejer al principe del Pais de la Luna que es un pais muy rico. Al llegar al País de la Luna el principe va en busca del rey pero se extraña de no ver a nadie y de no ser recibido por su padre, luego serían atacados por los soldados de Shabadaba ,quien quiere hacerce rico y dueño de las fortunas del país, pero el grupo de Kakashi interviene protegiendo al principe y a su hijo.
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La Aldea Oculta de la Estrella (星隠れの里, Hoshigakure no Sato) apareció en una saga de relleno. Está en el País de los Osos. Se formó gracias a un meteorito, denominado la estrella, que cayó en las cercanías 200 años antes. Ninguna planta volvió a crecer en la zona de impacto. Su líder es el Hoshikage (星影, Sombra de Estrella), a pesar de que no es reconocido por las demás aldeas y no hay allí ningún ninja que merezca realmente el título. El meteorito no es grande, pero emite una radiación que incrementa el chakra de la gente. El primer Hoshikage desarrolló un método para entrenar a la gente en el manejo de esta piedra, dándoles niveles de chakra descomunales. Completar el entrenamiento lleva a un nivel de dominio del chakra que permite incluso solidificarlo para hacer unas alas. El tercer Hoshikage lo prohibió porque muchos de los que lo llevaban a cabo morían. Incluso si algunos sobrevivían, eventualmente morirían de los efectos secundarios. Este líder fue asesinado por Akahoshi, que ocupó su puesto y reinstauró el entrenamiento. Su intención era hacer que otras aldeas aceptaran a la suya como igual. La estrella fue destruída tras los sucesos en los que Naruto y sus compañeros participaron.
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La Aldea Oculta del Humo (煙隠れの里, Kemurigakure no Sato), se menciona en el episodio 101 del anime, cuando Naruto, Sasuke y Sakura intentan ver el rostro de Kakashi. Se desconoce su situación y su potencial. Sólo aparecen tres ninjas de allí, bastante poco dotados, aunque bien podrían ser excepciones, por lo que no se puede asegurar nada de ella. Podría estar en el País del Fuego, dado que el humo es producto natural de fuego. Estos ninjas, los hermanos Moya, eran un grupo sin experiencia ni verdadero entrenamiento ninja, que en lugar de usar técnicas ninja usaban muchos otros extraños métodos para alcanzar sus objetivos, tales como envenenar al objetivo para que muriera de risa o de hipo.
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La Aldea Oculta de la Libélula (蜻蛉れの里, Tonbogakure no Sato), aparece en una de las sagas de relleno del anime, y se dice que estaba en el País de las Montañas. Treinta años antes, estuvo en guerra contra la Aldea Oculta de Konoha. Tras un ataque sorpresa de estos, declararon el alto el fuego. Sin embargo, dos días después otra aldea les atacó y exterminó. Sólo Gennō, que estaba en Konoha en ese momento, sobrevivió.